При монастыре существовал обширный некрополь - по числу захоронений выдающихся людей кладбище Ново-Алексеевского монастыря соперничало с гораздо более древними московскими монастырями. Некрополь уничтожен советскими властями в 1935 г.
Известные личности, захороненные в Алексеевском монастыре:
Абрикосов Алексей Иванович, крупный предприниматель
Александров, Пётр Александрович
Альфонский, Аркадий Аркадьевич
Андреев, Александр Николаевич (поэт)
Арсений (Минин), иеромонах, писатель
Бартенев, Пётр Иванович, историк
Беневоленский, Павел Игнатьевич
Бернацкий, Николай Викторович
Вельтман, Александр Фомич, историк
Вигель Филипп Филиппович, тайный советник, мемуарист
Вишневский, Фёдор Гаврилович
Власовский, Александр Александрович
Глебов, Иван Тимофеевич
Жемчужников, Алексей Михайлович, поэт
Зарянко Сергей Константинович, художник
Зиновьев, Иван Алексеевич, действительный тайный советник
Каминский, Александр Степанович, архитектор
Карнеев, Василий Николаевич
Катков, Михаил Никифорович, издатель
Кожевников, Алексей Яковлевич
Корелин, Михаил Сергеевич
Корсаков, Сергей Сергеевич
Косич, Андрей Иванович
Ланин, Николай Петрович
Лебедев, Иван Дмитриевич
Лебедев Пётр Николаевич, известный физик (в 1935 г. перезахоронен на Новодевичьем кладбище)
Летников, Алексей Васильевич
Малинин, Александр Фёдорович
Орлов, Фёдор Евплович
Подключников, Николай Иванович
Прянишников, Илларион Михайлович, художник
Рамазанов, Николай Александрович
Репнина-Волконская, Варвара Николаевна
Роговский, Александр Васильевич
Свистунов Пётр Николаевич, декабрист
Семёнов, Анатолий Александрович, действительный статский советник.
Скворцов, Николай Семёнович
Слезкин, Иван Львович
Слудский, Фёдор Алексеевич
Смирнов-Платонов, Григорий Петрович
Солодовников Гавриил Гавриилович , купец 1-й гильдии
Сольский, Дмитрий Мартынович
Струков, Владимир Николаевич
Унковский, Сергей Семёнович
Ушаков, Александр Сергеевич
Филипсон Григорий Иванович, сенатор, генерал от инфантерии
